du kannst diesen code auch in die index.php einbauen aber das solltest du unter den anderen code machen also so
<?php
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define ( 'main' , TRUE );
session_name ('sid');
session_start ();
require_once ('include/includes/config.php');
require_once ('include/includes/loader.php');
db_connect();
$allgAr = getAllgAr ();
$menu = new menu();
user_identification();
site_statistic();
require_once ('include/contents/'.$menu->get_url());
db_close();
debug('anzahl sql querys: '.$count_query_xyzXYZ);
debug('',1);
?>
<html>
<head>
</head>
<body>
</body>
</html>
Musst eben nur deinen Code in den body-tag einfügen.